A escola foi criada pelo Decreto-Lei nº 260-B/75 de 26 de Maio, entrando em funcionamento no início do ano letivo de 1975/1976. Ocupou as instalações sitas na Rua Heróis 25 de Abril, funcionando em 11 pavilhões pré-fabricados de um piso e de um edifício antigo destinado aos serviços administrativos.
Em Abril de 1992, na reunião do conselho pedagógico, é dado a conhecer a circular 6/93, a qual referia a obrigação de se atribuir um nome à escola. Maria de Jesus Cachulo, presidente do conselho executivo de então, referiu que o órgão possuía como proposta para tal facto o nome de Martinho Árias, como símbolo de afirmação e vontade de autonomia de um povo. Após várias reuniões entre a Escola e a Câmara Municipal de Soure, chegou-se a um consenso sobre o nome: Martinho Árias. Esta denominação foi dada à escola em despacho (12 422) a 11 de Novembro de 1997.
Em 2004/2005 a Escola Secundária Martinho Árias muda para as atuais instalações, na Quinta das Nogueiras, sendo composta por 3 blocos e tendo sido inaugurada no dia 5 de Janeiro de 2005.
A Escola Secundária Martinho Árias, sede do Agrupamento Vertical de Escolas de Soure desde o ano letivo de 2006/2007, é um equipamento educativo vocacionado para o ensino do 3º ciclo e secundário, inaugurado em 2005.
A escola possui como infraestruturas três blocos principais (bloco A – serviços administrativos, sase, CE, bar, papelaria, reprografia, centro de formação Sicó Norte, sala dos professores e salas de aula; bloco B – biblioteca, sala de estudo, auditório, laboratórios de biologia-geologia, física-química, informática, Centro de Novas Oportunidades e salas de aula; bloco C – sala de apoio aos NES, gabinete de psicologia, Espaço J, laboratórios de mecânica e salas de aula), um pavilhão coberto com balneários e dois blocos de apoio, um destinado ao refeitório e outro de balneários de apoio ao campo desportivo exterior.
Dista da Vila de Soure cerca dois km, encontrando-se isolada de outras construções (apenas tem como vizinhos, um armazém de azulejos e o supermercado Pingo Doce, inaugurado em Agosto de 2007), circundada por área florestal, acessível somente pela estrada nacional Condeixa-Soure ou por estradas secundárias e servida por escassos transportes públicos (efetuados de manhã, à hora de almoço, às quatro horas e no final das aulas)